Teşkilat ekibi, küresel tehdidin özüne doğru ilerlerken kahramanlarımız Altay ve Hilal, hayatlarının en zor tercihini yapmak zorunda kalırlar. Gizli görevdeki deşifre riskini bertaraf etmek isteyen Hilal, altındaki bütün şüphelerden arınmak için Altay’dan büyük bir fedakarlık talep eder: kendisini vurması. Görevin başarısı ve ülkenin güvenliği adına Altay, duygusal bir ikilem içinde kalsa da operasyonun gereğini yerine getirir. Bu an, ikilinin arasındaki bağı ve görev bilincini tekrar sorgulatan bir dönemeçtir.
Öte yandan ekibin deneyimli ismi Korkut, sinsi düşman Dizdar’ın kurduğu zekice bir tuzağa düşer. Silah kaçakçılığı ve karanlık planların peşindeki Dizdar’ın beklenmedik hamlesi, Korkut’u sıkıştırır. Artık kaçış yok; Korkut ile Dizdar arasında nefes kesen, yüksek riskli bir hesaplaşma başlamıştır. Bu süreçte Bahar’ın geçmişinden sakladığı sırlar gün yüzüne çıkmaya başlar; Bahar, yüzleşmekten kaçındığı geçmişiyle mücadele ederken bu sırlar ekibin dengesini sarsma potansiyeli taşır.
Bu sırada Teşkilat’ın en büyük hedeflerinden biri olan düşman figürü Rutkay’ın peşinde olduğu tarihi el yazması gündemi meşgul eder. Yazmanın Türkiye Cumhuriyeti için taşıdığı hayati öneme dair farkındalık hızla artarken, Altay ve ekibi zamana karşı yarışa girişir. Altay, Hilal ile birlikte tehlikeli ortak operasyonda Rutkay’a adım adım yaklaşırken, her an deşifre olma tehdidiyle karşı karşıyadır. Vatan için her zorluk göze alınır ve Teşkilat’ın yeni bölümünde gerilim zirveye çıkar. Altay ve Hilal’in zor kararı, Korkut’un hayatta kalma mücadelesi ve el yazması için verilen amansız mücadele, izleyiciyi ekran başına kilitleyecek.
